ADN environnemental (ADNe)

Prélèvement d’eau au large des Embiez. (©. R. Bunet)

Serran chèvre dans les rochers. (© P. Lelong)

Sars et girelles sur des petits fonds rocheux. (© P. Lelong)

Corbs dissimulés sous un surplomb. (©. P. Lelong)

Tripterygion jaune à l’affût. (© P. Lelong)

Contexte

La connaissance des peuplements est indispensable à une bonne gestion des ressources marines et à la mise en place, le cas échéant, de mesures de protection appropriées. Aujourd’hui, elle est basée sur des observations visuelles en plongée, des comptages, et des captures. Mais on sait que certaines espèces, rares ou dissimulées dans des lieux difficiles d’accès, échappent à ces observations. Or tous les organismes vivants laissent une trace ADN dans leur environnement : elle révèle leur présence ou leur passage récent, et permet d’identifier chaque espèce.

Programme

L’objet du programme est de développer la méthode de l’ADN environnemental pour en faire un outil innovant de détection et d’identification des espèces marines. Cet outil permettra d’évaluer la biodiversité dans sa globalité, et en particulier les espèces cryptiques – difficiles à observer parce que cachées, nocturnes ou difficiles à différencier morphologiquement –, les espèces halieutiques d’intérêt économique, menacées et invasives.

Phase 1

ADAPTER LA MÉTHODE AU MILIEU MARIN

Jusqu’à présent, peu d’études ont été menées pour appliquer la méthode de l’ADN environnemental au milieu marin, même si elle est déjà utilisée en milieu terrestre et dulcicole. Sa mise au point en ce qui concerne l’environnement marin présente en effet une difficulté supplémentaire : la dilution et la dispersion des traces ADN dans un grand volume d’eau de mer. Il faut donc notamment évaluer la quantité d’eau nécessaire pour obtenir des informations fiables. Une fois la méthode développée, et son utilisation maîtrisée, il suffira de prélever de l’eau de mer pour pouvoir récupérer les différents ADN qu’elle contient. Il sera alors possible de déterminer les espèces animales ou végétales qui sont présentes, ou qui étaient là peu de temps avant. La méthode permettra de compléter les méthodes traditionnelles – observation en plongée, captures… – et de surveiller les écosystèmes marins par simple prélèvement d’eau.

Phase 2

DÉVELOPPER UN CATALOGUE DE SÉQUENCES ADN

Par ailleurs, on manque encore de séquences ADN disponibles dans les bases de données, concernant la faune et la flore sous-marines, ce qui est pourtant indispensable pour déterminer les espèces présentes. Il s’agit aujourd’hui, en échangeant notamment des données avec d’autres structures impliquées dans ce type de programme de recherche, d’enrichir le catalogue des espèces méditerranéennes répertoriées. Cette banque de données doit concerner des espèces côtières, mais aussi des espèces pélagiques, et notamment les mammifères marins. Après plusieurs campagnes de prélèvement, notamment en juin et octobre 2018, les premiers résultats significatifs sont attendus fin 2018.

Phase 3

METTRE EN PLACE DES APPLICATIONS CONCRÈTES

Cette méthode non invasive permettra de fournir des données précises et exhaustives aux gestionnaires de territoires maritimes – institutionnels, AMP, politiques et scientifiques – pour apporter une aide à la décision en termes de gestion et de protection des écosystèmes marins.

Cette percée méthodologique dans le domaine de la biologie marine trouvera dans les prochaines années des applications multiples comme une :
– détection non invasive à fort potentiel pour les inventaires de biodiversité ;
– surveillance et estimation des stocks ;
– détection précoce et suivi d’espèces invasives ;
– appréciation des services écosystémiques potentiels de sites naturels ou anthropisés ;
– évaluation d’un état zéro et suivi de l’évolution des communautés biologiques sur des sites sensibles (lagunes, estuaires, zones de rejet de stations d’épuration), réhabilités (récifs artificiels) ou aménagés (ports, ouvrages de défense).

Date de modification : 23 septembre 2020